Les ravages massifs du génome dans le cancer du sein sont révélés

Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme. Il contient à la fois les séquences codantes, soit celles qui codent pour des protéines, et les séquences non codantes. Chez la majorité des organismes, le génome correspond à l'ADN présent dans les cellules.

Dans une étude menée par Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) publiée dans Genome Research, les chercheurs soulignent que dans les cellules cancéreuses, les erreurs génétiques font des ravages. Les gènes mal orthographiés, ainsi que les variations structurelles, soit les réarrangements à plus grande échelle de l'ADN qui peuvent englober de gros morceaux de chromosomes, perturbent les mécanismes soigneusement équilibrés qui ont évolué pour réguler la croissance cellulaire. Les gènes normalement silencieux sont massivement activés et des protéines mutantes se forment. Ces perturbations et d'autres provoquent une pléthore de problèmes qui causent la croissance des cellules sans contrainte, la caractéristique du cancer.

Les chercheurs ont publié l'une des cartes les plus détaillées jamais réalisées sur les variations structurelles du génome d'une cellule cancéreuse. La carte révèle environ 20 000 variations structurelles, dont peu ont été notées en raison des limites technologiques d'une méthode populaire de séquençage du génome. 

Les chercheurs ont lu les génomes des cellules cancéreuses grâce à la technologie dite de séquençage à lecture longue. Cette technologie lit des segments d'ADN beaucoup plus longs que les anciennes technologies à lecture courte. Comme le souligne l'étude, lorsque les résultats sont interprétés avec deux progiciels sophistiqués récemment publiés ces derniers, deux avantages sont évidents, soit le séquençage à lecture longue est plus riche en termes d'informations et de contexte. Il peut, à titre d'exemple, donner un meilleur sens à des segments répétitifs de lettres d'ADN, qui imprègnent le génome, en partie en les replaçant dans un contexte physique plus large 

Les chercheurs ont révélé la puissance de la technologie de lecture longue en l'utilisant pour lire les génomes de cellules dérivées d'une lignée cellulaire appelée SK-BR-3, un modèle important pour les cellules cancéreuses du sein avec des variations du gène HER2 (parfois appelé ERBB2 ). Environ 20% des cancers du sein sont «HER2-positifs», ce qui signifie qu'ils surproduisent la protéine HER2. Selon les chercheurs, ces cancers ont tendance à être parmi les plus agressifs 

Dans leur analyse, les chercheurs ont combiné les résultats du séquençage à lecture longue avec les résultats d'un autre type d'expérience qui lit les messages, ou transcriptions, qui sont générés par des gènes activés. Cette image plus complète a fourni un compte rendu détaillé de la façon dont les variations structurelles perturbent le génome dans les cellules cancéreuses et met en lumière la façon dont les cellules cancéreuses évoluent rapidement.