Selon une étude menée par Stanford University Medical Center publiée dans Cell, l'épuisement des bactéries intestinales par les antibiotiques semble laisser le système immunitaire moins apte à répondre aux nouveaux défis, tels que l'exposition à des germes ou vaccins jamais rencontrés auparavant
L'étude s’inspire d’une étude antérieure sur les souris menée par les chercheurs en 2011. Ces chercheurs ont découvert que les souris élevées depuis la naissance pour avoir un tractus intestinal exempt de germes n’avaient pas développé une réponse immunitaire aussi forte à la vaccination que leurs homologues normales. Il en a été de même pour les souris ayant reçu des antibiotiques ou une bio-ingénierie afin de ne pas disposer de capteur immunitaire pour la flagelline, principal constituant protéique de la nageoire filiforme utilisée par les bactéries pour la baignade.
Les chercheurs ont voulu savoir s'il y avait une pertinence pour les humains. Afin de tenter de répondre à cette question, les chercheurs ont mené une étude portant sur 22 adultes âgés de 18 à 45 ans: au cours de la saison grippale 2014-15, 11 ont pris des antibiotiques à large spectre pendant cinq jours et ont été vaccinés le quatrième jour; 11 autres n'ont pris aucun antibiotique, mais ont également reçu le vaccin antigrippal le quatrième jour.
Les antibiotiques ont réduit la population bactérienne intestinale de 10 000 fois. La perte de diversité globale qui en résultait était détectable jusqu'à un an après la prise des antibiotiques. Néanmoins, 30 jours après la vaccination, les augmentations d'anticorps capables de prévenir l'infection grippale induites par le vaccin étaient comparables entre les deux groupes.
Mais les participants à cette expérience avaient tendance à avoir des taux d'anticorps assez élevés au départ, suggérant qu'ils avaient déjà été exposés aux souches grippales représentées dans les vaccins de la saison en cours ou des campagnes précédentes.
Déterminer si de faibles concentrations de bactéries intestinales pourraient constituer un obstacle plus important à la capacité du système immunitaire à réagir à des éléments auparavant invisibles d'un vaccin, telles que les nouvelles souches virales représentées dans le vaccin contre la grippe saisonnière, à ceux dont le système immunitaire se souvenait avoir vu auparavant, Les chercheurs ont recruté 11 autres participants du même âge pour la saison 2015-16. Mais cette fois-ci, ils n'ont sélectionné que des individus dont le faible taux d'anticorps contre la grippe indiquait une faible exposition antérieure au virus ou au vaccin lui-même. Aucune des nouvelles recrues n'avait été vaccinée contre la grippe depuis au moins trois ans. Cinq personnes ont reçu des antibiotiques à large spectre, comme l'année précédente. Les six autres ont servi de contrôles. Tous les 11 ont été vaccinés.
Encore une fois, le nombre de bactéries intestinales chez les personnes ayant reçu des antibiotiques a chuté, comme l'année précédente. Mais cette fois, il y a eu un grand changement dans les niveaux d'un sous-type d'anticorps le plus responsable de la lutte contre le virus de la grippe. En effet, ce sous-type n'a pas réussi à se développer dans le sang en réponse au vaccin.
Selon les chercheurs, lorsqu'il s'agit de répondre à la vaccination contre un agent pathogène infectieux déjà rencontré, notre système immunitaire est remarquablement résistant, même face à l'épuisement le plus grave de nos bactéries intestinales. Or, ils semblent perdre cette résilience lorsqu'ils sont confrontés à un vaccin contenant de nouveaux éléments pathogènes dont ils ont peu ou pas de mémoire antérieure
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