vendredi 6 avril 2018

Les chercheurs combinent CRISPR et code-barres ADN pour suivre la croissance du cancer

Dans une étude menée par Stanford's School of Medicine publiée dans Nature Genetics, des chercheurs auraient trouvé un moyen de modifier des paires de gènes liés au cancer dans les poumons des souris, puis de suivre précisément les cellules individuelles de la tumeur résultante, une technique combinée qui pourrait accélérer considérablement la recherche sur le cancer et le développement de médicaments. Selon ces derniers, la découverte pourrait enfin permettre d'imiter puis d'étudier la diversité génétique des cellules trouvées dans les tumeurs. Ils mentionnent que les cancers humains n'ont pas une seule mutation de suppression tumorale mais ils ont des combinaisons, la question est de savoir comment les différents gènes mutés coopèrent ou ne coopèrent pas entre eux.

Les chercheurs ont atteint ce résultat en utilisant CRISPR-Cas9, un puissant outil d'édition de gènes pouvant facilement remplacer, modifier ou supprimer des séquences génétiques à l'intérieur des organismes, - pour créer de multiples tumeurs génétiquement distinctes dans les poumons des animaux individuels. Ils mentionnent qu'il est possible d'induire des milliers de tumeurs clonales chez une seule souris.

Or, afin de tirer des conclusions utiles sur les effets combinatoires de différentes mutations génétiques, les scientifiques avaient besoin d'un moyen précis pour marquer et suivre la croissance de différentes tumeurs. Ils souhaitaient attacher de courtes séquences uniques d'ADN à des cellules tumorales individuelles à l'intérieur des poumons des souris. Chaque séquence fonctionne comme un code-barres génétique héréditaire, et à mesure que chaque cellule de semence se divise en une tumeur, le nombre de codes-barres se multiplie également.

Cependant, au lieu d'avoir à découper minutieusement des tumeurs individuelles, les chercheurs pourraient prendre tout un poumon cancéreux, le broyer, puis utiliser le séquençage d'ADN à haut débit et l'analyse computationnelle pour déterminer avec précision la taille d'une tumeur en comptant combien de fois les codes à barres apparaissent. En recoupant différents codes à barres, ils peuvent comparer la taille des tumeurs beaucoup plus quantitativement que ce qui était auparavant possible.
Selon les chercheurs, la combinaison de CRISPR-Cas9 et de codes-barres d'ADN pourrait leur permettre  de reproduire en laboratoire le type de diversité génétique observé chez les patients cancéreux.
 

En terminant, la conclusion de l'étude cartographique mentionnée dans l'étude est que de nombreux gènes suppresseurs de tumeurs dépendent du contexte, plus précisément ils affectent seulement la croissance du cancer en présence ou en l'absence d'un autre gène. Ils pourront mieux comprendre comment les principaux moteurs du cancer interagissent entre eux, et pourquoi les tumeurs avec les mêmes mutations deviennent parfois très grandes et parfois non 

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