Démocratiser la science

Une étude intéressante menée par l'University of Washington publiée dans Nature Communications souligne la difficulté rencontrée par les scientifiques, soit de reproduire les résultats d'expériences réalisées par eux-mêmes ou par leurs pairs. Selon ces derniers, le volume et la complexité de l'information rendent ces efforts scientifiques trop compliqués lorsque vient le temps pour eux de partager leurs données et leurs résultats avec leurs pairs et le public.

Or, les chercheurs ont mis au point un ensemble d'outils pour faciliter le partage d'un domaine essentiel de la recherche sur les données volumineuses, celui du système nerveux central, sous forme d'un navigateur en libre accès développé pour afficher, analyser et partager des données neurologiques collectées à travers un type d'étude d'imagerie par résonance magnétique.

Le navigateur AFQ, un outil basé sur un navigateur web disponible gratuitement en ligne, est une plate-forme pour télécharger, visualiser, analyser et partager des données IRM de diffusion dans un format accessible au public, améliorant la transparence et les méthodes de partage de données pour les études neurologiques. De plus, étant donné qu'il fonctionne dans le navigateur Web, AFQ-Browser est portable et ne nécessite aucun logiciel ou équipement supplémentaire, hormis un ordinateur et une connexion Internet. 

Comme le mentionnent les chercheurs, l'IRM pondérée en diffusion mesure le mouvement du liquide dans le cerveau et la moelle épinière, révélant la structure et la fonction des voies de la substance blanche. Ce sont les connexions du système nerveux central, des tissus constitués principalement d'axones qui transmettent des signaux à longue distance entre les circuits neuronaux. La recherche en IRM de diffusion sur la connectivité cérébrale a fondamentalement changé la façon dont les neuroscientifiques comprennent la fonction cérébrale humaine. Plus concrètement, l'état, l'organisation et la disposition des tracts de la substance blanche sont au cœur des fonctions cognitives telles que la mémoire, l'apprentissage ainsi que les autres capacités. Les données recueillies à l'aide d'IRM pondérée en diffusion peuvent être utilisées pour diagnostiquer des affections neurologiques complexes telles que la sclérose en plaques (SEP) et la sclérose latérale amyotrophique (SLA). Les chercheurs utilisent également des données IRM pondérées en diffusion pour étudier les fondements neurologiques de conditions telles que la dyslexie et les troubles d'apprentissage. 

L'AFQ-Browser, l'AFQ signifie Automatic Quantification Fiber-tract, peut recevoir des données d'IRM pondérées en diffusion et effectuer une analyse des voies pour chaque patient individuellement. Les analyses se font via un serveur distant, éliminant les barrières techniques et financières pour les chercheurs. L'AFQ-Browser contient également des outils interactifs pour afficher des données pour plusieurs patients, permettant au chercheur de visualiser facilement comment les tracts de matière blanche peuvent être similaires ou différents entre patients, identifier les tendances dans les données et générer des hypothèses pour de futures expériences. Les chercheurs peuvent également insérer du code supplémentaire pour analyser les données, ainsi que sauvegarder, télécharger et partager des données instantanément avec d'autres chercheurs. 

Selon les chercheurs, l'AFQ-Browser serait le début du partage de données et d'expériences neuroscientifiques, leur objectif étant une plus grande reproductibilité et transparence, et un processus scientifique plus robuste