Selon une étude publiée, l’Institut national de santé publique du Québec et le Centre de génomique de l’Université McGill ont annoncé les résultats préliminaires de l’analyse de la séquence génétique du virus SRAS-CoV-2 responsable de la COVID-19 des premiers cas québécois.Selon l'étude, le virus est entré au Québec pendant la période de relâche scolaire et aurait pu être transporté dans la province par aussi peu que 247 personnes.
Les recherches indiquent que l'origine de l'épidémie au Québec était principalement due à l'Europe et aux Amériques, et non en Asie. La plupart des premières introductions du virus au Québec n'ont pas donné lieu à une transmission soutenue. Les personnes qui sont revenues au Québec après la semaine de relâche ont finalement contribué à l’émergence des milliers de cas que l’on a recensés par la suite, soit près de 60 000 personnes infectées.
Les chercheurs ont séquencé et analysé 734 séquences génomiques de haute qualité obtenues entre la mi-février et le 1er avril 2020. Les séquences ont été placées dans le contexte de 21 935 séquences provenant d'ailleurs au Canada et à l'étranger, y compris toutes disponibles dans le Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), jusqu'au 1er avril. Les chercheurs ont recherché les origines géographiques des diverses introductions en comparant les résultats des données épidémiologiques sur l'historique des voyages avec l'inférence phylogénétique et la reconstruction de l'état ancestral (également appelé ASR, ou l'extrapolation dans le temps des caractéristiques mesurées des individus à leurs ancêtres communs ).
Les données sur les antécédents de voyage suggèrent que près d'un tiers des infections (32,7%) provenaient d'Europe (la France ayant le taux le plus élevé avec 12,1%), 31% provenaient des Caraïbes / d'Amérique latine et près de un quart provenaient des États-Unis (23,9%). Peu d'introductions sont venues d'Asie (1,2%) et aucune de Chine. Cela confirme l'idée que a COVID s'était propagé beaucoup plus largement qu'on ne le pensait auparavant et qu'au début du printemps 2020, il s'agissait de bien plus qu'une maladie endémique en Chine. En effet, d'après la phylogénie des premiers cas signalés, il est possible que le premier cas soit parvenu à Québec en provenance du Royaume-Uni dès le 30 janvier, mais la date précise n'est toujours pas connue avec certitude.
Les données montrent également qu'aux premiers stades de l'éclosion, il y avait une forte concentration de cas dans la région de la Montérégie au Québec. Les données suggèrent également que les cas d'Amérique latine et des États-Unis étaient également d'origine européenne. L'étude est disponible en ligne. Les études sur la phylodynamique, ou sur l'évolution, du virus SARS COVID-2 se poursuivront.
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