Selon une étude menée par l'University of Cambridge publiée dans Proceedings of the National Academy of Sciences, les chercheurs auraient reconstruit les premières "voies d'évolution" du COVID-19 chez l'humain, alors que l'infection s'est propagée de Wuhan en Europe et en Amérique du Nord, en utilisant des techniques de réseau génétique.
En analysant les 160 premiers génomes viraux complets à séquencer à partir de patients humains, les chercheurs ont cartographié une partie de la propagation originale du nouveau coronavirus à travers ses mutations, ce qui crée différentes lignées virales.
Les chercheurs ont utilisé des données de génomes de virus échantillonnés à travers le monde entre le 24 décembre 2019 et le 4 mars 2020. La recherche a révélé trois «variantes» distinctes de COVID-19, consistant en des grappes de lignées étroitement apparentées, qu'ils définissent «A», » B 'et' C '.
Les chercheurs ont découvert que le type de COVID-19 le plus proche de celui découvert chez les chauves-souris, le type «A», le «génome d'origine du virus humain», était présent à Wuhan, mais il n'était pas surprenant que ce ne soit pas le type de virus prédominant de la ville.
Des versions mutées de «A» ont été observées chez des Américains qui auraient vécu à Wuhan, et un grand nombre de virus de type A ont été découverts chez des patients américains et australiens. Le principal type de virus de Wuhan, «B», était répandu chez les patients de toute l'Asie de l'Est. Cependant, la variante n'a pas voyagé bien au-delà de la région sans autres mutations, impliquant un "événement fondateur" à Wuhan, ou une "résistance" contre ce type de COVID-19 en dehors de l'Asie de l'Est
La variante «C» est le principal type européen, trouvée chez les premiers patients de France, d'Italie, de Suède et d'Angleterre. Elle est absente de l'échantillon de la partie continentale chinoise de l'étude, mais observée à Singapour, à Hong Kong et en Corée du Sud.
La nouvelle analyse suggère également que l'une des premières introductions du virus en Italie a eu lieu via la première infection allemande documentée le 27 janvier, et qu'une autre voie d'infection précoce italienne était liée à un "cluster de Singapour".
Les chercheurs mentionnentque leurs techniques de réseautage génétique ont tracé avec précision les voies d'infection établies: les mutations et les lignées virales ont rejoint les points entre les cas connus. Ces derniers soutiennent que ces méthodes "phylogénétiques" pourraient être appliquées au tout dernier séquençage du génome du coronavirus pour aider à prédire les futurs points chauds mondiaux de transmission et d'augmentation des maladies.
La variante «A», la plus proche du virus trouvé à la fois chez les chauves-souris et les pangolins, est décrite comme «la racine de l'épidémie» par les chercheurs. Le type «B» est dérivé de «A», séparé par deux mutations, puis «C» est à son tour une «fille» de «B».
Les chercheurs mentionnent que la localisation de la variante "B" en Asie de l'Est pourrait résulter d'un "effet fondateur": un goulot d'étranglement génétique qui se produit lorsque, dans le cas d'un virus, un nouveau type est établi à partir d'un petit groupe isolé d'infections.
Les chercheurs soulignent que le virus de type B de Wuhan pourrait être immunologiquement ou environnementalement adapté à une grande partie de la population de l'Asie de l'Est. Il peut avoir besoin de muter pour surmonter la résistance en dehors de l'Asie de l'Est. Ils ont observé un taux de mutation plus lent en Asie de l'Est qu'ailleurs, en cette phase initiale.
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