L'ontologie, une arme puissante dans la lutte contre la COVID-19

Selon une étude menée par l'University at Buffalo publiée en ligne en pré-impression, la masse de données croissantes et en constante évolution résultant de plusieurs disciplines représente l'un des plus grands défis auxquels les chercheurs et les responsables de la santé publique doivent faire face lorsqu'ils tentent de gérer la pandémie de la COVID-19 en cours.

Comme le soulignent les chercheurs, l'ampleur du défi auquel sont confrontés les scientifiques repose sur les disciplines impliquées dans la lutte, de l'immunochimie à la modélisation comportementale des populations.

Toutes les données collectées par les biologistes, les pathologistes, les sociologues, les géographes, les médecins et les épidémiologistes doivent être intégrées, mais les informations pertinentes sont saisies en utilisant des termes spécifiques à la discipline et sont souvent stockées de manière accessible uniquement aux personnes travaillant dans les domaines dans lesquels elles sont originaires. .

Selon les chercheurs, l'ontologie a été conçue pour résoudre ce problème en créant des vocabulaires contrôlés communs pour les descriptions de données que tout le monde peut utiliser. Ce problème est particulièrement aigu face à un nouvel agent pathogène tel que le SRAS-CoV-2, où personne ne peut anticiper quelles combinaisons de facteurs s'avéreront cruciales pour comprendre comment il affecte ses hôtes humains. Les ontologies sont des outils de partage de données qui assurent l'interopérabilité grâce à un lexique informatisé avec une taxonomie et un ensemble de termes et de relations avec des définitions structurées logiquement.

Les auteurs présentent, tout d'abord, un noyau d'ontologie des maladies infectieuses (Infectious Disease Ontology, IDO), qui contient des termes relatifs aux maladies infectieuses en général avant de décrire comment ce noyau d'IDO a été étendu dans un certain nombre d'ontologies liées à des maladies infectieuses spécifiques, telles que le paludisme, le staphylocoque et la grippe. Le document se termine par un traitement des ontologies IDO pour les maladies infectieuses virales en général, pour les maladies infectieuses à coronavirus et pour COVID-19, en particulier.