Selon une étude menée par l'University of California, San Francisco publiée dans Nature Communications, des chercheurs ont développé une nouvelle approche pour le test COVID-19 qui détecte un modèle distinct d'expression de gène immunitaire chez les individus infectés. Ce type de test pourrait être utilisé pour vérifier les erreurs possibles générées par les tests standard qui détectent directement le virus SARS-CoV-2.
Les modèles d'expression génique observés chez les patients atteints de COVID-19 dans l'étude indiquent que, contrairement à d'autres virus respiratoires, le SRAS-CoV-2 peut supprimer les réactions immunitaires aux premiers stades de l'infection, ouvrant ainsi la voie à la propagation du virus avant les patients. développer des symptômes.
La réponse immunitaire aux infections respiratoires est en grande partie responsable de symptômes tels que la fièvre, la congestion nasale et la toux, qui peuvent généralement encourager une personne à s'isoler et à se faire dépister. Parce que les personnes atteintes de COVID-19 sont les plus infectieuses au début de leur maladie, cette réponse immunitaire supprimée dans les premiers stades de COVID rend plus probable que les individus infectent d'autres personnes avant de se rendre compte qu'ils sont malades.
Les chercheurs soulignent que bien que la nouvelle approche de test analyse des molécules complètement différentes, de la personne infectée plutôt que du virus qui infecte la personne, elle peut être mise en œuvre en utilisant la même technologie PCR sur les mêmes échantillons d'écouvillon nasal. Il pourrait être utilisé comme test autonome, ou même combiné dans les mêmes panels de test que ceux utilisés dans les tests PCR standard pour détecter le virus. La combinaison des technologies pourrait réduire les chances de résultats faux négatifs ou faux positifs
Les chercheurs ont créé trois versions de preuve de concept du nouveau test: une basée sur les lectures de l'activité génique de trois gènes clés, une basée sur des lectures de 10 gènes et une basée sur 27 gènes. Les tests ont détecté indépendamment une infection à la COVID-19 dans des cas cliniquement confirmés, augmentant en sensibilité avec le nombre de gènes inclus.
Les chercheurs envisagent d'utiliser l'une de ces mesures d'activation génique à la fois pour signaler les tests de PCR virale faux négatifs, dans lesquels la détection virale directe échoue, et pour exclure les résultats faux positifs, qui peuvent résulter d'une contamination croisée entre les échantillons dans les laboratoires de test. Les faux positifs deviennent un défi croissant lors de la réalisation de tests de routine sur des personnes sans symptômes dans des populations avec relativement peu de cas. Même l'ajout de quelques gènes aux tests de détection de virus actuellement utilisés pourrait grandement améliorer la précision
Pour déterminer quels changements dans l'activité génique étaient caractéristiques de l'infection par le SRAS-CoV-2, les chercheurs ont d'abord étudié tout le matériel génétique dans des échantillons sur écouvillon des voies respiratoires supérieures, afin de pouvoir identifier les indicateurs les plus importants et les plus prédictifs.
Les chercheurs ont analysé des échantillons de patients présentant des symptômes respiratoires qui ont été testés pour COVID-19 comme une explication possible de leur maladie. Les tests ont montré que de nombreux patients avaient le COVID-19, mais certains d'entre eux se sont révélés infectés par des virus respiratoires plus courants (comme la grippe) ou souffrant de maladies non virales.
Grâce à des algorithmes informatiques et à un grand nombre de calculs, les chercheurs ont pu identifier un modèle distinct d'expression génique associé à une modification des réponses immunitaires spécifiques qui se produit tôt au cours de l'infection par le SRAS-CoV-2. Les changements différaient de ceux observés dans d'autres infections respiratoires virales ou maladies respiratoires non virales, permettant un diagnostic spécifique de la COVID-19.
Le modèle d'expression des gènes immunosuppresseurs que les chercheurs ont identifié chez la COVID-19 pourrait expliquer la nature furtive de ce virus hautement transmissible, ont déclaré les chercheurs. Contrairement au premier virus SRAS-CoV, qui a suscité des inquiétudes dans le monde et en a tué des centaines en 2002 et 2003, le SRAS-CoV-2 semble être le plus transmissible avant l'apparition des symptômes, ou juste au moment où les symptômes apparaissent, ce qui rend plus probable les individus infecter les autres avant qu'ils ne se rendent compte qu'ils sont malades.
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