Selon une étude menée par Harvard Medical School publiée dans Cell, la grande majorité des personnes infectées par le SRAS-CoV-2 éliminent le virus, mais celles dont l'immunité est compromise, comme les personnes recevant des médicaments immunosuppresseurs pour des maladies auto-immunes, peuvent être infectées de manière chronique. En conséquence, leurs défenses immunitaires affaiblies continuent d'attaquer le virus sans pouvoir l'éradiquer complètement.
Les chercheurs ont découvert qu'un SRAS-CoV-2 muté provenant d'un patient immunodéprimé infecté de manière chronique est capable d'éluder à la fois les anticorps naturels des survivants de la COVID-19 ainsi que les anticorps fabriqués en laboratoire actuellement utilisés en clinique pour le traitement de COVID-19.
Le cas du patient a été décrit à l'origine le 3 décembre 2020 dans une étude du New England Journal of Medicine par des scientifiques du Brigham and Women's Hospital quelques semaines avant que les variantes du Royaume-Uni et de l'Afrique du Sud ne soient signalées pour la première fois à l'Organisation mondiale de la santé. Le virus dérivé du patient contenait un groupe de changements sur sa protéine de pointe, la cible actuelle des vaccins et des traitements à base d'anticorps, et certains de ces changements ont été détectés plus tard dans des échantillons viraux au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, où ils semblent sont apparus indépendamment.
Selon les chercheurs, certains des changements trouvés dans le virus dérivé du patient n'ont pas encore été identifiés dans les variants viraux dominants circulant dans la population en général. Cependant, ces changements ont déjà été détectés dans des bases de données de séquences virales accessibles au public. Ces mutations restent isolées mais elles pourraient être des signes avant-coureurs de mutants viraux susceptibles de se propager dans la population.
es chercheurs soulignent que les variants initialement détectés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud restent vulnérables aux vaccins à ARNm actuellement approuvés, qui ciblent la protéine de pointe entière plutôt que seulement des parties de celle-ci. Néanmoins, les résultats de l'étude pourraient également offrir un aperçu d'un futur, dans lequel les vaccins et les traitements actuels pourraient progressivement perdre leur efficacité contre les mutations de la prochaine vague qui rendent le virus insensible aux pressions immunitaires.
Selon les chercheurs, les mutations font partie du cycle de vie normal d'un virus. Ils se produisent lorsqu'un virus se copie de lui-même. Beaucoup de ces mutations sont sans conséquence, d'autres sont nocives pour le virus lui-même et d'autres encore peuvent devenir avantageuses pour le microbe, lui permettant de se propager plus facilement d'hôte en hôte. Ce dernier changement permet à une variante de devenir plus transmissible. Si un changement sur une variante confère un certain type d'avantage évolutif au virus, cette variante peut progressivement surpasser les autres et devenir dominante. Dans les premiers mois de la pandémie, l'hypothèse était à l'effet que le SRAS-CoV-2 ne changerait pas trop vite car, contrairement à la plupart des virus à ARN, il possède une protéine de relecture dont le travail est d'empêcher trop de modifications du génome viral. Or, l'automne dernier, les chercheurs ont découvert qu'un patient recevant un traitement immunosuppresseur pour une maladie auto-immune qui avait été infecté par le SRAS-CoV-2. Le patient avait développé une infection chronique. Une analyse génomique du virus du patient a montré un groupe de huit mutations sur la protéine de pointe virale, que le virus utilise pour pénétrer dans les cellules humaines et qui est la cible des traitements par anticorps et des vaccins actuels. Plus précisément, les mutations s'étaient regroupées sur un segment du pic connu sous le nom de domaine de liaison au récepteur (RBD), la partie sur laquelle les anticorps s'accrochent pour empêcher le SRAS-CoV-2 de pénétrer dans les cellules humaines.
Dans une série d'expériences, les chercheurs ont exposé le virus factice à la fois au plasma riche en anticorps de survivants de la COVID-19 et à des anticorps fabriqués en pharmacie actuellement utilisés en clinique. Le virus a évité les anticorps naturels et de qualité pharmaceutique. Des expériences avec un médicament anticorps monoclonal contenant deux anticorps ont montré que le virus était entièrement résistant à l'un des anticorps du cocktail et quelque peu, bien que pas totalement, imperméable à l'autre. Le deuxième anticorps était quatre fois moins efficace pour neutraliser le virus muté. Les huit mutations n'ont pas rendu le virus également résistant aux anticorps. Deux mutations particulières conféraient la plus grande résistance aux anticorps tant naturels que cultivés en laboratoire.
Dans une dernière expérience, les chercheurs ont créé un super anticorps en mélangeant des protéines à partir d'anticorps naturels qui avaient évolué au fil du temps pour devenir plus en phase avec le SRAS-CoV-2 et mieux reconnaître le SRAS-CoV-2 et capables de s'y accrocher plus étroitement. Le processus, connu sous le nom de maturation d'affinité des anticorps, est le principe derrière les injections de rappel de vaccin utilisées pour fortifier les anticorps existants. Un variant spécifique contenant des mutations survenues tardivement au cours de l'infection du patient était capable de résister même à cet anticorps ultra-puissant. Mais l'anticorps super puissant a réussi à neutraliser les mutations virales détectées à un moment différent au cours de l'infection.
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