Selon une étude menée par Skolkovo Institute of Science and Technology publiée en ligne, les chercheurs ont étudié le plus long cas confirmé de COVID-19 chez un patient immunodéprimé qui a été infecté pendant 318 jours. L'étude a révélé de nouvelles façons dont le virus peut muter pour échapper à l'immunité cellulaire
Selon les chercheurs, depuis les premiers cas de COVID-19, le nouveau coronavirus n'a cessé de muter au fur et à mesure qu'il se propage dans la population mondiale. Certaines de ces mutations donnent finalement lieu à des variantes préoccupantes qui sont plus transmissibles ou plus mortelles, comme la fameuse variante delta. Mais si le virus persiste suffisamment longtemps chez un patient, il peut également accumuler des mutations qui l'aident à échapper à la réponse immunitaire, transformant ces patients immunodéprimés en des points chauds involontaires d'évolution virale rapide.
Comme le soulignent les chercheurs, un cas de cette évolution intra-hôte qui se démarque est le cas de la patiente S, une femme atteinte d'un lymphome diffus à cellules B non hodgkinien à un stade avancé. Elle a d'abord été testée positive pour COVID-19 en avril 2020 et a finalement obtenu son test négatif définitif près d'un an plus tard, en mars 2021. Comme l'a noté le Dr Oksana Stanevich, le médecin qui a suivi le patient et collecté les données cliniques, elle a connu deux épisodes de COVID-19 sévère avec fièvre et pneumonie au cours de la maladie.
Les données complètes ont permis de suivre l'évolution du SRAS-CoV-2 au sein de l'hôte. Le séquençage du génome entier et l'analyse phylogénétique ont confirmé que le patient S était bien infecté par la même lignée du virus tout au long de la maladie. Il n'y avait apparemment aucune transmission ultérieure du virus de sa part, à en juger par l'absence d'échantillons similaires dans GISAID, une base de données mondiale utilisée pour suivre les variantes du SRAS-CoV-2.
Le virus du patient S a accumulé un total de 40 mutations, changeant beaucoup plus rapidement que dans la population générale. Cette évolution rapide indique que le virus s'est adapté dans le corps humain, acquérant des mutations qui lui permettent de mieux survivre et/ou de se reproduire plus rapidement. Une fraction de ces changements concernait la protéine de pointe ; certains d'entre eux correspondaient à ceux précédemment trouvés chez les patients traités avec du plasma convalescent ou des anticorps monoclonaux, et étaient impliqués dans l'échappement des anticorps neutralisants.
Or, en raison de son schéma thérapeutique, la patiente S n'avait pas de lymphocytes B dans le flux sanguin périphérique et pratiquement aucun anticorps IgG, de sorte que son immunité humorale était essentiellement « invalide ». De plus, la majorité des changements rapidement obtenus étaient des protéines de surface extérieures
Les chercheurs se sont tournés vers l'autre mécanisme majeur de l'immunité, celui entraîné par les cellules T tueuses, les armes cytotoxiques de l'immunité à médiation cellulaire. Ce système ne fait pas intervenir d'anticorps et reste fonctionnel chez le patient. L'évasion de l'immunité à médiation par les lymphocytes T dans le SRAS-CoV-2 a auparavant attiré relativement peu d'attention. Alors que l'immunité humorale cible principalement les protéines de surface telles que la pointe, tout peptide codé par le génome viral peut théoriquement être reconnu par les cellules T. Ainsi, des mutations permettant d'échapper à l'immunité des cellules T peuvent être trouvées dans n'importe quel gène viral. Par conséquent, l'équipe de recherche a émis l'hypothèse que le SRAS-CoV-2 infectant le patient S pourrait avoir évolué spécifiquement pour échapper au seul système de défense auquel il était confronté.
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