Selon une étude menée par Broad Institute of MIT et Harvard publiée dans Cell, les peptides codés par des régions inexplorées du génome du SRAS-CoV-2 provoquent de fortes réponses immunitaires par rapport à d'autres peptides connus.Des recherches récentes ont suggéré que de nouveaux vaccins qui stimulent plus puissamment les cellules T du système immunitaire pourraient offrir une protection plus durable contre le virus, en particulier contre les nouvelles variantes.
Les chercheurs révèlent de nouvelles façons dont les vaccins de nouvelle génération pourraient potentiellement stimuler les cellules T contre le virus. Ces derniers ont analysé des parties auparavant négligées du génome du virus et ont découvert une fraction étonnamment importante de fragments de protéines virales clés, ou peptides, qui ont déclenché des réponses de lymphocytes T plus fortes que d'autres peptides connus.
Comme le soulignent les chercheurs, lorsque le corps rencontre un virus, il déclenche deux types de réponse immunitaire. Dans l'immunité à médiation par les cellules B, les cellules immunitaires fabriquent des anticorps qui neutralisent le virus. Dans l'immunité à médiation par les cellules T, les cellules infectées hachent les protéines virales et présentent des fragments de ces protéines à la surface cellulaire en utilisant les protéines de l'antigène leucocytaire humain (HLA) de la cellule. Ces peptides agissent comme des balises pour les cellules T tueuses de cellules, qui lancent une attaque contre les cellules infectées et les éliminent du corps.
Les anticorps induits par le vaccin ciblent généralement la protéine de pointe du virus. Cette protéine fait partie des régions les plus variables du virus, et les anticorps pourraient ne pas détecter les protéines de pointe qui sont fortement mutées dans les nouvelles variantes virales. En revanche, les peptides viraux, ou épitopes, qui génèrent des réponses des lymphocytes T proviennent d'un certain nombre de protéines virales, qui sont généralement plus stables génétiquement que la protéine de pointe seule.
Les chercheurs ont découvert que jusqu'à un des quatre peptides découverts par leurs expériences de spectrométrie de masse étaient dérivés d'ORF non canoniques, indiquant que de nombreuses cibles potentielles pour les vaccins avaient été négligées.
Les chercheurs ont découvert que certains des peptides cachés provoquaient une réponse immunitaire plus forte que d'autres peptides de l'étude, dérivés de régions canoniques, à la fois chez des souris et des échantillons de sang de patients COVID-19. Peut-être le plus surprenant, l'équipe a découvert qu'un peptide caché, d'un ORF non canonique appelé ORF9b, présentait des réponses plus fortes chez les patients que certains des épitopes les plus immunologiquement dominants décrits à ce jour. Les résultats suggèrent que le peptide peut être une cible idéale pour les vaccins de prochaine génération
Les chercheurs ont également découvert d'autres cibles potentielles pour une intervention thérapeutique, notamment des protéines d'une voie protéasomale cellulaire qui, lorsqu'elles sont inhibées par le SRAS-CoV-2, peuvent aider le virus à échapper au système immunitaire. Les auteurs disent qu'une meilleure compréhension des tactiques d'évasion immunitaire du virus pourrait aider les scientifiques à concevoir de nouvelles stratégies pour interférer avec l'infection.
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