Les scientifiques développent un test de diagnostic capable de détecter le virus responsable du COVID-19 même lorsqu'il mute

Selon une étude menée par Nanyang Technological University publiée dans Nature Communications, les chercheurs ont développé un test de diagnostic capable de détecter le virus responsable de la COVID-19 même après qu'il ait subi des mutations.

Appelé le test VaNGuard (Variant Nucleotide Guard), il utilise un outil d'édition de gène appelé CRISPR, qui est largement utilisé dans la recherche scientifique pour modifier les séquences d'ADN et modifier la fonction des gènes dans les cellules humaines dans des conditions de laboratoire, et plus récemment applications de diagnostic.

Étant donné que les virus ont la capacité d'évoluer dans le temps, un test de diagnostic robuste contre les mutations potentielles est un outil crucial pour suivre et combattre la pandémie. Au cours de son évolution jusqu'à présent, des milliers de variantes du SRAS-CoV-2, le virus qui cause la COVID-19, sont apparues, y compris certaines qui se sont largement répandues au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil.

Cependant, les variations de séquence génétique dans les nouvelles souches peuvent entraver la capacité de certains tests de diagnostic à détecter le virus. En plus de sa capacité à détecter le SRAS-CoV-2 même lorsqu'il mute, le test VaNGuard peut être utilisé sur des échantillons de patients bruts dans un cadre clinique sans nécessiter de purification d'ARN, et donne des résultats en 30 minutes. C'est un tiers du temps requis pour le test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) de référence, qui nécessite la purification de l'ARN dans un laboratoire.

Le test VaNGuard repose sur un mélange réactionnel contenant enAsCas12a, une variante de l'enzyme Cas12a qui agit comme une paire de «ciseaux moléculaires». L'enzyme enAsCas12a est «programmée» pour cibler des segments spécifiques du matériel génétique du SRAS-CoV-2 et pour les extraire du reste de son génome viral. La capture réussie de segments est la façon dont l'enzyme détecte la présence du virus. La programmation est effectuée par deux molécules différentes appelées ARN guides, conçues pour reconnaître des sites spécifiques sur le génome du SRAS-CoV-2.

Les scientifiques ont décidé d'utiliser deux ARN guides qui reconnaissent des séquences extrêmement similaires entre les variantes du SRAS-CoV-2 et qui sont également uniques au virus. Il est prédit par calcul que chaque ARN guide reconnaîtra plus de 99,5% des milliers d'isolats de SRAS-CoV-2 qui ont jusqu'à présent été séquencés dans le monde.

Lorsque le virus SARS-CoV-2 ou l'un de ses variants est détecté dans un échantillon, le variant d'enzyme Cas12 conçu enAsCas12a devient hyper-activé et commence également à couper un autre matériel génétique détectable dans l'échantillon, y compris une molécule étiquetée avec un colorant fluorescent. qui est ajouté au mélange réactionnel. Lorsque la molécule est coupée, elle commence à briller. Cette lueur est alors captée par un lecteur de microplaques, un instrument de laboratoire capable de détecter et de quantifier les photons lumineux émis par la molécule.